U Arboretumu je utvrđeno devet biljnih zajednica veće pokrovnosti i tri fragmentarno razvijene zajednice. Zajednice pripadaju šumskoj, travnjačkoj, korovnoj i ruderalnoj vegetaciji, halofiltnoj vegetaciji obalnih grebena te vegetaciji zidova i stijena.
Najzastupljenija je šumska vegetacija koja je prije požara 2000. godine prekrivala oko tri četvrtine površine Arboretuma. Na zapadnome dijelu to su bile sastojine alepskoga bora i čempresa razvijene na podlozi gariga, koje se nakon požara prirodnom obnovom vraćaju na svoju ishodišnu biljnu formaciju. U istočnom dijelu Arboretuma razvijena je šumska vegetacija s lovorom kao prevladavajućom vrstom, gdje prekriva i veći dio renesansnog perivoja.
Kao značajna osebujnost vegetacije Arboretuma ovdje se zapaža pojava miješanja vrsta eumediteranske i submediteranske vegetacijske zone. Jugoistočni dio Arboretuma čini vrlo strm i kamenit obronak s izrazito eumediteranskom vegetacijom gariga i fragmentima ekstrazonalne vegetacije jonsko-egejske zone, kao jedan od naših malobrojnih lokaliteta drvenaste mlječike (Euphorbia dendroides L.).
U dosadašnjim istraživanjima utvrđeno je 9 biljnih zajednica veće pokrovnosti dok su 3 fragmentarno razvijene.
